Forschungsprojekt «Referenz-Genom Blutgruppen»

Kurzbeschreibung des Projekts

Ziele

Erstellung eines «Referenz-Genoms zu Blutgruppen». Eine «Referenz» kann als Bibliothek verstanden werden, die ein Nachschlagen von möglichst vielen Blutgruppen-Varianten erlaubt. Zusätzlich werden humane Plättchen- (HPA) und Neutrophilen-Antigene (HNA) für dasm Referenz-Genom mituntersucht. Das Resultat sind DNA-Sequenzen, welche mittels single strand Next Generation Sequencing (NGS, PacBio) erhoben, und dann in eine Datenbank («die Bibliothek») eingepflegt werden.

Das Projekt enthält verschiedene Prozess-Schritte und Fragestellungen. Erstens soll die in einer Vorstudie ermittelte Analyse-Genauigkeit der angewandten Einzelstrang-Sequenzierung an Hand einer grossen Probenzahl verifiziert werden.

Zweitens erlaubt die Studie die Berechnung von Häufigkeiten der bestimmten Blutgruppen-Varianten und somit eine insgesamte Beschreibung des Blutgruppen-Genoms des FL. Damit wird die Versorgungs-Sicherheit mit Blut berechenbarer. Somit können, drittens, entschlüsselte Daten direkt für eine Patientenversorgung mit dem am besten passenden Blut verwendet werden.

Viertens können die aufbewahrten Proben entschlüsselt für Vergleichszwecke mit unbekanntem Probenmaterial und die für die Testung, Implementierung und Akkreditierung molekulardiagnostischer Verfahren verwendet werden. Es gelangen keine entschlüselten Daten, weder über die Blutspende des RK in Feldkirch/AT, noch über das Forschungs-Institut «Translationale Medizin» der Privaten Universität im FL hinaus.

Ergebnis

Bioinformatische Algorithmen erlauben eine automatisierte haplotypspezifische Analyse der beiden vorliegenden elterlichen Allele jedes untersuchten Gens jedes untersuchten Probanden. Insgesamt handelt es sich um 47 bis 55 Blutgruppengene, ca. 10 Gene für HNA und ca. 10 Gene für HPA. Die Erweiterung der bisher existierenden automatisierten Analyse-Pipeline liefert Referenz-Daten (Referenzallele) für alle teilnehmenden Blutspender und Spenderinnen. Insgesamt werden 2000 bis 2500 Menschen untersucht. Das gesamte Projekt umfasst neben Blutspendern des FL, nämlich auch je ca. 500 Probanden aus Bern, Kiel und Wien, welche in gesonderten Ethik-Anträgen behandelt wurden.

Prozedere

Im Zuge regulärer Blutspende-Aktionen werden Blutspendern des FL 8 mL EDTA-Blut aus dem für die Probennahme reservierten «Satellitenbeutel» abgenommen. Das Projekt benötigt also keine eigene, zusätzliche Blutabnahme. Die genomische DNA jedes Probanden wird extrahiert und nach spezifischer Anreicherung aller Gene der Blutgruppensysteme sowie der menschlichen Plättchen- (HPA) und Neutrophilen-Antigene (HNA) mittels einer "Einzelstrang-Sequenziertechnologie" (Gerät der Firma Pacific Biosciences, kurz PacBio) sequenziert. Die erhaltenen Sequenzen werden analysiert und mittels Publikation und Datenbanken anonymisiert öffentlich zugänglich gemacht.

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